رصد کردن رفتار سیاسی مصطفی خمینی نشانگر تغییر دیدگاه فاحش در نظرات وی بعد از سال ۱۳۵۵ است. منابع موجود در این خصوص کم شمار هستند. گفتمان رسمی حکومت نیز اجازه باز کردن موضوع را نمی‌دهد. همچنین حکومت با تببین غلط وقایع در صدد پرده انداختن بر دوره‌ای از حیات سیاسی مصطفی خمینی است که دیدگاه انقلابی را کنار می‌گذارد. برخی از منابع مناظره آیت‌الله خوئی و آیت‌الله خمینی در خصوص اندیشه سیاسی شیعه را رویدادی دوران ساز در دیدگاه سیاسی مصطفی می‌دانند.
در زمستان ۱۳۵۵ مناظره یاد شده برگزار می‌شود. به نقل از کسی که در جلسه فوق حضور داشته ولی نمی‌خواهد اسمش بیان شود، سید مصطفی و آیت‌الله سیستانی بعد از جلسه جانب آقای خوئی را می‌گیرند و می‌گویند نظر وی درست است. آقای خوئی در مناظره یاد شده ولایت فقیه و تصدی حکومت توسط روحانیون را رد می‌کند وفقط بر روی ضرورت اجرای احکام شرع توسط حکومت تاکید می‌نماید.»
این موضوع دلیل نماز گذاردن آیت‌الله خوئی بر سر جنازه مصطفی را نیز توصیح می‌دهد. چون در آن مقطع رابطه آیت‌الله خوئی و خمینی تیره بود و حتی بر مبنای برخی از گزارش ها آیت‌الله خوئی بر خلاف شیوه‌اش در دادن شهریه همگانی اما روحانیت انقلابی طرفدار آیت‌الله خمینی را از دریافت شهریه محروم ساخته بود.
باز یکی دیگر از روحانیون نزدیک به مصطفی خمینی در نجف می‌گوید: «حاج مصطفی اصولا مشی انقلابی را قبول نداشت و طرفدار سازش با شاه از نوع تفکرات آقای شریعتمداری بود و دائما با پدرش و اطرافیان او اختلاف نظر می‌داشت.» او نیز حاضر نیست اسمش ذکر شود.
سید موسی موسوی اصفهانی نوه سید ابوالحسن اصفهانی مرجع معروف شیعه در اواخر قاجار و دوره رضا شاه اختلافات مصطفی خمینی با پدرش در روز های اخر اقامت در نجف در مصاحبه شفاهی با دانشگاه هاروارد را این چنین شرح می‌دهد.
او در نیمه دوم دهه چهل و پنجاه در عراق بود و بر علیه حکومت شاه مبارزه می‌کرد. درحالی که قبلا نماینده مجلس شورای ملی در دوره پهلوی بود اما بعد از ۱۵ خرداد ۴۲ رابطه وی با شاه تیره شد و حتی مورد سوء قصد نافرجام ساواک در عراق نیز قرار گرفت. وی رابطه خوبی با مصطفی خمینی داشت و واسطه گرفتن امکانات رادیو روحانیت و نشریه روحانیت برای روحانیت انقلابی در عراق بود:
«مصطفی خمینی در سالهای آخری که در نجف بود معتقد بود پدرش نباید در سیاست زیاد دخالت بکند. مصطفی معتقد بود پدرش به یک مرحله‌ای از مرجعیت رسیده است و سنش در حدود ۷۰-۷۵ و در نجف است و آقاست و برایش وجوهات می‌آید. خوب است دیگر به همین قناعت بکند. یک‌عده‌ای بودند از بچه‌های داغ و تند بچه منتظری، و امثال منتظری و احمد. اینها آمده بودند نجف و اینها را آقا مصطفی کنترل می‌کرد. می‌گفت اینها حق ندارند با پدرم تماس بگیرند. هیچکدام از اینها حق ندارند پدرم را تنها ببینند، هر کاری دارند بیایند به من بگویند حتی احمد برادرش را منع کرده بود از اینکه درباره اینها با خمینی صحبت بکند. مثلا نطق‌های خمینی سالی یکی دو بار بر علیه رژیم شاه نطق می‌کرد و کلماتی که تند بود راجع به اشرف، راجع به شمس راجع به برادر ها که اینها دزد بودند اینها هروئین قاچاق می‌کردند، شاه دزد است، همه اینها را مصطفی حذف می‌کرد قبل از اینکه منتشر بشود. می‌گفت یک مرجع نباید این کلمات زشت و چارواداری را از خودش بگوید. بایدلغت و زبان یک مرجع یک زبان منزهی باشد و بکلی کنترل کرده بود حتی پسر منتظری را که امده بود نجف نمی‌گذاشت برود خمینی را ببیند تا جایی که دستیار خمینی که یک پیرمرد ۷۰ ساله بود و سی سال به خمینی خدمت کرده بود، یک بار پسر منتظری را بدون اجازه مصطفی راه داد برود خمینی را ببیند . این دستیار که نامش شیخ عبدالعلی اصفهانی را آقا مصطفی از نجف بیرون کرد.»
دکتر موسی اصفهانی همچنین از اختلاف پیدا کردن مصطفی خمینی با سید محمود دعائی سخن به میان می‌آورد و روایتی را تعریف می‌کند که سید محمود دعائی را در مظان اتهام مسموم کردن سید مصطفی خمینی قرار می‌دهد.
وی می‌گوید:
«مصطفی خمینی متوجه می‌شود دعائی که با نظر او مسوول برنامه رادیوئی نهضت روحانیت در بخش فارسی رادیو بغداد شده بود، با گروه ژنرال پناهیان وزیر جنگ دولت پیشه‌وری در آذربایجان، ارتباطاتی دارد و با آنها همکاری می‌نماید. این خبر به گوش سید مصطفی رسید لذا محمود دعائی را از تشکیلات رادیو نهضت روحانیت بیرون کرد واز خانه پدر نیز طرد نمود. پناهیان در عراق پناهنده شده بود و تشکیلاتی داشت.
معلوم شد این سید محمود دعائی کمونیست است. آخر این معنا ندارد که یک آدمی نهضت روحانیت را اداره کند اما برود جزء باند محمود پناهیان کمونیست و چپی باشد دیگر. آنهم چپی که معروف بود جاسوس شوروی است. البته بعد ها پناهیان از عراق اخراج شد. مصطفی خمینی این شد که دعائی را بیرون کرد. البته هی دعائی می‌آمد از مصطفی تقاضای ملاقات می‌کرد و خانه خمینی هم راه نمی‌دادند محمود را. شب آخری که مصطفی مرد این آخرین کسی بود که به منزل مصطفی می‌رود و برای وی حلوا می‌برد.
مصطفی خمینی شام چیزی نخورده و فقط حلوای دعائی را می‌خورد. بعد می‌بینند تو رختخوابش مرده که صغرا کلفت آقا مصطفی اولی که دیده بود آقا مصطفی مرده می‌گوید آقا را دعائی چیز خور کرد. خانم مصطفی مادر حسین هم بوسیله حسین می‌فرستد پهلوی خمینی می‌گوید من یقین دارم که محمود دعائی شوهرم را کشته اجازه بدهید که جسد مصطفی را کالبد شکافی کنند. خمینی می‌گوید اولا این کار در اسلام حرام است. دومش اینکه تازه ما بفهمیم چه کار می‌توانیم بکنیم؟ کی می‌تواند ثابت کند که محمود این کار را کرده؟ احمد هم در این کار مداخله می‌کند و با حسین دعوا می‌کند که این حرف‌ها چیست؟ آبروی ما بیشتر می‌رود چه فایده دارد ؟ داداش که زنده نمی‌شود با این کار ها و به هر حال نمی‌گذارند جنازه را کالبد شکافی بکنند و قضیه لوث می‌شود.»
موسوی اصفهانی مدعی است حسین خمینی و خانم حائری اعتقاد داشتند که احمد خمینی از مرگ مصطفی خبر داشته و یا بعد از اینکه فهمیده، نگذاشته موضوع منتشر بشود.
با توجه به منابع موجود امکان راست آزمایی ادعا‌های اصفهانی وجود ندارد ولی تا کنون حسین خمینی و مادرش صحبت‌های وی را تایید وتکذیب نکرده‌اند.
همچنین پاره ای از گزارش‌های تایید نشده حاکی است که مصطفی خمینی در سال ۵۵ و ۵۶ تماس‌هایی با مقامات وزارت خارجه شاه داشته و تقاضای بازگشت به ایران داشته است.
با مرگ مصطفی خمینی دوره متاخر فعالیت‌های سیاسی غیر انقلابی و اصلاح‌طلبانه وی به پایان می‌رسد این دوران در حدود دو سال بوده است.
با توجه به مطالبی که بیان شد می‌توان نتیجه گیری های زیر را داشت:
۱- عدم فعالیت یکپارچه
فعالیت ها و دیدگاه های سیاسی مصطفی خمینی متغیر بوده و دامنه دگرگونی های آن نیز بالا بوده است. در اصل در ادوار مختلف رفتار سیاسی وی نیز تغییر کرده است. اما در یک نگاه کلی دو دوره مهم را در رفتار سیاسی وی می‌توان تمیز داد. نخست دوره انقلابیگری که از سال 42 شروع می‌شود و نزدیکی‌های ۵۵ پایان می‌یابد. دوره دوم دو سال پایانی عمر وی را در بر می‌گیرد. بنابراین اگر چه دوره انقلابیگری او طولانی است اما دیدگاه متاخر وی اصلاح‌گرایانه بوده است. حضور مصطفی در سیاست نیز بیشتر متاثر از پدرش بوده است. به نظر می‌رسد اگر پدرش بازداشت و تبعید نشده بود مصطفی خمینی نیز ورود چندانی به میدان سیاست نمی‌کرد.
۲- سنت‌گرایی
مصطفی خمینی چه به لحاظ فقهی و چه سیاسی سنت‌گرا بود و با تجدد میانه خوبی نداشت. او در سیاست ابتدا دنبال تاسیس حکومت اسلامی بر پایه قوانین شرع بود وسپس دیدگاهی مشابه مراجع سنتی داشت که ساختار قانونی کشور ملزم به تبعیت از احکام شرع اسلامی باشد. از این‌رو معتقد به همراهی تاکتیکی و موقتی با روشنفکران و مخالفان سیاسی غیر مذهبی بود ولی به لحاظ استراتژیک نیروهای مذهبی و به خصوص روحانیون را حمایت می‌کرد. او در تماس با گروه‌های مبارز مختلف خواهان در نظر گرفتن اسلام به عنوان مکتب مبارزه بود. مصطفی خمینی در مقطعی از زندگی سیاسی‌اش مدافع خط مشی مسلحانه ونظامی می‌شود.
۳- نگاه جهانی به اسلام
توجه مصطفی خمینی به اسلام فقط محدود به مرزهای ایران نبود و از نهضت اسلامی در خاور میانه و جهان پشتیبانی می‌کرد. توجه ویژه‌ای به دفاع از فسطینی ها داشت و همچنین سعی کرده بود با گروه‌های اسلام‌گرا در منطقه ارتباط برقرار نماید.
۴- عدالت اجتماعی
مصطفی خمینی گرایشی به تفکر چپ بر مبنای عدالت اجتماعی داشت. او زندگی ساده‌ای داشت و از این منظر به برابری گرایی اجتماعی و اقتصادی بهاء می‌داد. عدالت در نگاه سیاسی وی برجسته بود. در حالی که آزادی جایگاهی نداشت.
۵- مخالفت با حکومت روحانیون
بررسی آثار و سخنان به جای مانده و خاطرات اطرافیان مصطفی روشن می‌سازد وی با تصدی حکومت توسط روحانیون موافق نبوده است و اسلام‌گرایی و حکومت اسلامی از دید وی حاکمیت قوانین شرع بر آئین و قوانین حکم‌رانی بوده است.
۶- گسترش اختلاف سیاسی با پدر
اختلاف نظر سیاسی و فقهی مصطفی با پدرش در دوره متاخر به اوج می‌رسد. مصطفی خواهان کنار گذاشتن رویکرد رادیکال سیاسی از سوی پدرش و تعقیب راه‌کاری مانند مراجع دیگر از جمله آیات مرعشی نجفی، خوئی و شریعتمداری بوده است که خواسته‌شان را در قالب رفورمیستی جلو می‌بردند. او نتوانست پدرش را برای تجدید نظر سیاسی متقاعد نماید اما تا زنده بود اجاره نداد بیت وی تحت کنترل روحانیت انقلابی قرار بگیرد. این روحانیون انقلابی عمدتا افرادی از سلسله مراتب پایین روحانیت، دانش فقهی نازل و رویکرد رادیکال سیاسی بودند. احمد خمینی با این گروه اشتراک نظر و مجانست داشت. مصطفی خمینی در سالهای آخر به آیت‌الله خوئی ارادت زیادی پیدا کرده بود. در ایران نیز به مرعشی نجفی توجه ویژه‌ای داشت. یک بار در نامه‌ای به او نوشته بود: «پدر مهربانم، مدتی است که نامه‌ای از جناب عالی نرسیده است، نگران هستم نکند کسالتی برای شما حاصل شده باشد.»
۷- تاثیرات پدر زن
دیدگاه‌های سیاسی مرتضی حائری یزدی پدر زن مصطفی نیز در تغییر نگرش سیاسی او بی تاثیر نبود. در مقطعی رابطه خوبی بین مرتضی حائری (پسر ارشد موسس حوزه علمیه قم) بین و آیت الله خمینی برقرار بود. در ۱۵ خرداد ۴۲ او حمایت پر رنگی از آیت الله خمینی کرد و در جریان سفر علماء بلاد برای آزادی آیت الله خمیین و نجات وی از اعدام نیز فعال بود. اما بعدا با رادیکال تر شدن آیت الله خمینی و حوادثی روابط آنها تیره شد. مرتضی حائری یزدی از منتقدین برجسته روحانی آیت الله خمینی بعد از انقلاب بود. در دهه پنجاه مرتضی حائری خیلی صریح آیت الله خمینی را نقد می‌کرد. یک بار آیت الله مصطفی را صدا زد و نوشته‌ای از وی را نشان داد و گفت پدر زن شما هم علیه من می‌نویسد و می‌گوید حرف های من بر خلاف اسلام است.
با مرگ مصطفی، مانع پیش روی کنترل بیت آیت الله خمینی توسط روحانیت انقلابی برداشته شد و خود آیت الله نیز با بهره جستن از این فرصت با قوت بیشتری مواضع انقلابی خود را پی گرفت.
اما اختلاف نظر مصطفی باعث شد تا بعد از مرگ وی یادی از او توسط پدرش و روحانیون انقلابی نشود . بعد از انقلاب و در دوره رهبری ۱۱ ساله آیت الله خمینی هیچ مراسم تجلیل و بزرگداشتی در خصوص وی برگزار نشد.
حتی شایع است که بر مبنای دستور آیت الله خمینی، تلویزیون از پخش برنامه در سالگرد فوت مصطفی خمینی و یا ستایش از وی منع گشته بود. این موضوع در ابتدای رهبری خامنه‌ای بحث بر انگیخته بود که رویه قبلی ادامه پیدا نماید یا اینکه طبق رویه مرسوم از وی تجلیل به عمل آید که سرانجام تصمیم گرفته شد همان سابقه قبلی تداوم یابد.
این اتفاق غیر طبیعی است. علی القاعده باید مراسمی، کنگره‌ای، یادبودی برای وی در دوره رهبری پدرش برگزار می‌شد و این خود سندی دال بر ناخشنودی آیت الله خمینی از مواضع سیاسی پسر ارشدش بود و نظر موافقی به زنده شدن یاد وی در جامعه نداشت.
خانواده آیت الله خمینی و همسرش اینگونه توجیه می‌نمایند که وی می‌گفته پسرش نیز مانند پسران مردم و دیگر چهره‌های سیاسی و روحانی است که در گذشته‌اند. اما این توجیه منطقی به نظر نمی‌رسد. چون در خصوص خیلی از افرادی که حتی وزنی نداشتند بر اساس مصلحت حکومت انها تبلیغات گسترده‌ای در تریبون‌های حکومتی می‌شد و مبالغ هنگفتی از اموال عمومی نیز خرج می‌شد.
نیرو‌هایی که بعد از انقلاب جمهوری اسلامی را تاسیس و در اختیار گرفتند نیز با مصطفی خمینی میانه خوبی نداشتند و وی را به عنوان خط سازش در بیت آیت الله خمینی در نجف نکوهش می‌کردند.
در عین حال تاثیر رویارویی فرزندان مصطفی در برابر آیت الله خمینی را نیز نمی‌توان نادیده گرفت.
این پژوهش به نحوی مختصر با توجه به منابع و اطلاعات اندک به بررسی زندگی سیاسی مصطفی خمینی پرداخت تا نقطه شروعی باشد. تبیین جامع آراء و رفتار سیاسی مصطفی خمینی نیازمند تحقیق مفصل‌تر و دستیابی به به داده‌هایی بیشتر است
