رسانه‌های خبری داخلی از صدور حکم روسای ۲۱ دانشگاه توسط وزیر علوم خبر داده‌اند. مطابق این گزارش‌ها، محمد فرهادی، وزیر علوم، "براساس مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی" در احکام جداگانه‌ای روسای این دانشگاه‌ها را که تا پیش از صدور حکم به عنوان سرپرست مشغول به کار بودند، صادر کرده است.
خبرسازترین حکم صادر شده درباره ریاست دکتر محمود نیلی‌احمدآبادی به ریاست دانشگاه تهران است.
درست در همان روزی که حکم ریاست محمود نیلی بر دانشگاه تهران صادر شد، خبرگزاری فارس وابسته به سپاه پاسداران، گزارشی با عنوان "
از تجلیل فتنه‌گران تا تخطئه ناجا" منتشر کرد که در آن انتقاداتی تند از "سرپرست دانشگاه تهران" صورت گرفته بود. در این گزارش آمده بود: "تقویم سال ۹۴ دانشگاه تهران که توسط سرپرست این دانشگاه بعنوان هدیه سال جدید به دانشجویان داده شده است را اگر تورق کنی، به روزهای ۲۵ خرداد و ۱۸ تیر می‌رسی که توضیحات آن جز احیای فتنه‌گران و تخطئه ناجا چیز دیگری ندارد."
در این گزارش از چاپ تصویر یکی از "فتنه‌گران" ـ سید محمد خاتمی ـ ابراز تاسف شده و در بخش دیگری از آن آمده بود: "در کنار آن توضیحی که برای روز ۲۵ خرداد نوشته شده نیز قابل تأمل است: تعرض به کوی دانشگاه تهران توسط گروهی خودسر و ضرب و شتم دانشجویان در پی حوادث پس از انتخابات ۱۳۸۸! گویی مسئولان دانشگاه تهران نه تنها عقیده‌ای به فتنه ۸۸ ندارند بلکه بدنبال کمرنگ کردن فتنه ۸۸ و دامن زدن به موارد خلاف واقع‌اند!"
درباره ماجرای حمله به کوی دانشگاه در تیرماه سال ۱۳۷۸ نیز آمده بود: "تیرماه نیز در تقویم دانشگاه تهران خالی از توضیحات نیست. ۱۸ تیر که ملت ایران در آن «فتنه ۱۸ تیر ۷۸» را به یاد دارند، جای خود را در تقویم دانشگاه تهران به « حمله نیروی انتظامی و شبه نظامیان به کوی دانشگاه تهران در اعتراض به توقیف روزنامه سلام» داده است. گویی این تقویم تنها برای رسمیت دادن به اقدامات غیرقانونی در ۲ فتنه ۷۸ و ۸۸ چاپ شده است."
نگرانی خبرگزاری وابسته به سپاه پاسداران از ذکر این تاریخ‌ها در تقویم دانشگاه تهران، آشکارا نشانگر حمایت این نهاد از حملاتی است که هربار به دانشگاه تهران صورت گرفته بود. جالب آنکه در روایت رسمی "نظام" هر بار این حملات محکوم شده و حتی آیت‌الله خامنه‌ای نیز از آن حوادث ابراز تاسف نموده است.
یک روز پس از انتشار خبر ریاست نیلی‌احمدآبادی به ریاست دانشگاه تهران،
سایت فرهنگ‌نیوز،دیگر رسانه نزدیک به سپاه پاسداران در گزارشی با عنوان " فعال فتنه ۸۸ رئیس دانشگاه تهران شد!" نوشت: "نیلی احمدآبادی در روزها و ماه‌های فتنه ۸۸ نقش پررنگی در شوراندن دانشجویان و اساتید برای ابراز مخالفت با نظام و همراهی با فتنه‌گران داشت. از جمله می‌توان به تلاش های جدی در زمان فتنه برای تصویب تعطیلی دانشكده فنی در هیات رییسه و صدور بیانیه هیات رییسه علیه نظام و بیانیه جمعی از اساتید اشاره كرد."
از طرفی دیگر، اوایل خرداد ماه و در حالی که خبرهایی از ریاست احتمای نیلی بر دانشگاه تهران منتشر شده بود فردی با نام "
محمد صادق کوشکی" به عنوان عضو هیات علمی دانشگاه تهران به همین سایت گفته بود: "زمزمه‌های شنیده شده در خصوص اینکه برخی تمایل دارند در واقع انتصاب روسای دانشگاه ها را که فعلا توسط شورای عالی انقلاب تعیین می شوند، از شورا سلب کنند و به دولت واگذار کنند. در صورتیکه چنین اقدامی صورت گیرد، اختیارات وزیر علوم در تعیین روسای دانشگاه ها بسیار افزایش خواهد یافت و وی مامور دادن حکم ریاست به آنها خواهد بود. این موضوع در دولت طرح شده و می خواهند با فشار و گردن کلفتی در شورای انقلاب فرهنگی تعیین روسای دانشگاه را از حیطه اختیارات این شورا خارج کنند."
او معتقد بود: "در صورتیکه این فرآیند که از اول انقلاب اسلامی وجود داشته حذف شود و حکم ریئس دانشگاه را وزیر علوم یا وزیر بهداشت بدهد؛این امر باعث می شود حد جایگاه رئیس دانشگاه در حد رئیس یک اداره دولتی کاهش یابد. در حالیکه در الگوی قبلی تمام نظام در پشت سر رئیس دانشگاه قرار داشت و به او حکم فعالیت اعطا و از او حمایت می کرد اما در حال حاضر این مسئولیت توسط وزیرعلوم یا بهداشت به روسای دانشگاه ها داده خواهد شد. وقوع این امر به معنای کاهش جدی شان و جایگاه دانشگاه است."
گرچه این شایعات محقق نشد و در نهایت حکم همه روسای دانشگاه‌ها توسط شورای عالی انقلاب فرهنگی صادر شده، اما با اینهمه مخالفت راستگرایان همچنان برجای خود مانده است.
گفتنی است که نیلی‌احمدآبادی پیش از این و پس از استیضاح فرجی دانا
به عنوان وزیر پیشنهادی علوم مطرح شد اما از مجلس رای لازم را دریافت نکرد. او پیش از آن و از
خرداد ماه سال ۱۳۹۳ به سرپرستی دانشگاه تهران منصوب شد و در تمام این مدت اداره دانشگاه تهران را بر عهده داشت. در این ماه‌ها در حالی که مخالفت‌های زیادی با ادامه سرپرستی او در دانشگاه تهران شده بود، انتخاب نهایی او به عنوان رئیس دانشگاه تهران خشم مخالفان دولت را برانگیخته است.
سال گذشته، بعد از انتصاب نیلی به عنوان سرپرست دانشگاه تهران
خبرگزاری بسیج دانشجویی ایران در گزارشی نوشته بود: "نگاهی به سوابق و برخی عملکردهای نیلی این نکته را آشکار می کند که انتخاب چنین فردی به عنوان رئیس دانشگاه تهران می‌تواند مصداقی در جهت خارج کردن محیط دانشگاه از فضای علمی و سوق دادن آن به سوی حاشیه‌های سیاسی و جناحی باشد که دلیل آن نیز غلبه رویکردهای سیاسی نیلی بر چهره علمی وی است. نزدیک ترین و قابل لمس ترین عملکرد نیلی در عرصه مدیریتی را می‌توان ریاست وی بر پردیس فنی دانشگاه تهران در سال ۸۸ و همزمان با فتنه بعد از انتخابات دانست. علاوه بر عملکرد ناصحیح وی در کمک به لغو امتحانات این پردیس دانشگاهی و گسترش آن به سایر دانشکده ها در شرایط خاص سال ۸۸، دیده شدن نام محمود نیلی احمد آبادی در پای نامه ۸۸ استاد دانشگاه به رهبر معظم انقلاب گویای سوابق سیاسی وی است."
این خبرگزاری نامه اعتراضی استادان دانشگاه تهران را چنین توصیف کرده بود: "نامه‌ای که در آن نظام جمهوری اسلامی بدون هیچ استدلال و سندی به اقداماتی از جمله «برخوردهای خشن با دانشگاهیان، دانشجویان و فرهیختگان»، «حمله شبانه به خوابگاه‌ها»، «لشگرکشی نیروهای غیر دانشگاهی به داخل دانشگاه و سرکوب دانشگاهیان» و موارد از این دست متهم می‌شود تا تلاش عده‌ای برای غیر واقعی نشان دادن شرایط و همچنین طلبکاری نسبت به نظام، کشور و مردم به ثمر بنشیند."
